国际阶段——在申请日起9个月或优先权日起16个月左右，申请将收到一份由选定的国际检索单位出具的检索报告。申请人可以针对检索出的文件对权利要求书做出修改并递交国际局。在申请日或优先权日起满18个月后，申请予以公布。在自申请日或优先权日起19个月届满前，申请人应决定是否提出国际初步审查请求。如请求国际初步审查，国际初步审查单位将在自申请日或优先权日起28个月内发出一份国际初步审查报告，对申请的专利性做出评论。该报告对各指定国专利局的审查并不具有约束力。申请人应在自申请日或优先权日起30个月满前(对于未提出国际初步审查请求人的申请，则为20个月)向指定国或地区递交进入该国的请求，并递交国际申请的译本。由此该国际申请由“国际阶段”进入“国家阶段”。
国家阶段——国际申请进入“国家阶段”后，由各国专利局对该申请进行实质审查，其程序与直接向各国递交一个申请的程序几乎相同，获批准后获得也只是各国的专利。
(1) 对中国人来说，只需向中国专利局递交一份中文申请文件；在国际阶段的国际初步审查程序中也可使用中文，十分方便。
(2) 采用PCT申请，进入各指定国的时间，比按照《巴黎公约》规定的12个月优先权期限直接向外国申请推迟了8个或18个月。这样申请人有更多的时间筹措资金，进行市场调研，以决定最终进入哪些国家。
(3) 国际检索报告和国际初步审查报告可以为申请人在决定是否最终进入各国时提供很有价值的参考。如果在这两份报告中发现有对申请极为不利的对比文件，或者国际初步审查报告的倾向性意见很不乐观，申请人可以就此考虑放弃进入国家阶段，避免后续的费用开支。此外，选择PCT申请，在国际阶段和进入各国阶段时，申请人有多次修改申请文件的机会。
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